Trasladado de la planta baja del Santuario de las Reliquias a su edificio actual, también en la planta baja, acoge numerosos restos arqueológicos encontrados en todo el extenso término de Arjona. Testigos de la variedad de pueblos y culturas que habitaron estas tierras en la antigüedad, podemos recorrer, a través de su contenido, las páginas de la historia. Desde los instrumentos líticos en sílex a la cerámica ibérica influenciada por las grandes culturas orientales (griegos y fenicios), a la extensa colección de monedas y restos arquitectónicos romanos: lápidas, capiteles, etc…
El pequeño aporte visigodo (este arte afloró principalmente en orfebrería, muy dado a la rapiña, por desgracia) y la gran cultura árabe, con sus cerámicas esmaltadas sobre todo en época nazarí.
Comprende una colección museográfica inaugurada el 22 de noviembre de 2012, contando con una colección cercana a las 3.ooo piezas de naturaleza arqueológica y etnográfica. Las piezas arqueológicas obedecen a la cultura material de las principales comunidades humanas que habitaron el conjunto urbano o yacimientos del término municipal de Arjona. Entre las piezas más características destacan una abundante cantidad de útiles líticos del Paleolítico Superior y Neolítico, elementos cerámicos Neolíticos y de la Edad de Bronce, urnas vasos y cuencos iberos, buena cantidad de enseres, ánforas y monedas ibero-romanas, ladrillos visigodos, candiles islámicos y una extensa colección de maravedíes de los Austrias.
Vista parcial de la sección ibérica del museo.